Em 2003 o Dólar americano estava se desvalorizando consideravelmente frente a outras moedas fortes internacionais, em particular ao Euro e à Libra Esterlina. Os bolsistas da CAPES tinham suas bolsas fixadas em Dólares e portanto estavam vendo seus orçamentos ficarem cada vez mais apertados e imprevisíveis. A ABEP-GB decidiu lançar uma campanha para que estas bolsas fossem fixadas em moeda local, surgiu assim a "Libras Já". A APEB-França também se organizou e criou a campanha "Euros Já" e as duas associações iniciaram uma colaboração estreita. Outras associações européias e bolsistas de outros países (Alemanha, Espanha, Portugal, Itália, Holanda) também entraram na campanha que por fim foi vitoriosa.

Desta colaboração entre as associações surgiu a idéia de se criar um fórum permanente para a interação entre as associações.  Um grupo de discussões na internet foi criado (se tivéssemos que dar uma data de nascimento da FAPEBE talvez esta fosse 15 de janeiro de 2004, pois esta foi a data da primeira mensagem no grupo de discussões), aos poucos os representantes das várias associações foram entrando no grupo e logo se chegou ao nome FAPEBE: Federação das Associações de Pesquisadores e Estudantes Brasileiros no Exterior.

Mais tarde foi criada uma página virtual para a FAPEBE  e um logotipo foi sugerido por Rodrigo Firmino, estudante de doutorado em arquitetura e urbanismo na University of Newcastle, Reino Unido e um dos diretores da ABEP-GB na época. Segundo o autor, o logotipo possui dois conceitos. O de constelação para representar o grupo de associações girando em torno da federação e o do átomo de hidrogênio, o elemento mais simples do universo, para representar a unidade. Nas palavras do Rodrigo, “...a idéia se inspira no Dr Manhatan do revolucionário "Watchmen", HQ dos anos 80. O símbolo do Dr Manhatan era o átomo de hidrogênio porque ele era um super-ser que podia manipular todas as formas atômicas”.

Outras associações foram convidadas a participar da federação. Entraram associações da Austrália, EUA e Portugal.